本影片讲述了明朝中叶，上骑都尉匡天干为达成谋反，私自伪造"大明通行宝钞"并让其所管辖的军队在邻省大肆购买各种物资，一度造成江南物价飞涨、货币贬值的行径让皇帝大怒，派出六扇门彻查，并引发破获江南系列伪造宝钞案件的故事。

　　上海地质学院的肖继业和林育生毕业后，满怀革命热情来到青海高原地质队工作。肖继业的小队发现了新矿，领导让他回上海参与地质报告审批答辩，治疗自己砸伤的腿，并了解离队半年未归的林育生的情况。　　　　回到上海后，肖继业发现林育生是因为害怕艰苦生活，才托病不肯回青海，还在其未婚妻夏倩如的毕业分配上拖后腿。

　　居住在上海的秦磊和唐晓雯是一对相亲相爱的小夫妇，在一次逛街途中，晓雯偶然相中并买下一面造型奇特的镜子，而这也成为她离奇恐怖经历的开始。次日一早，秦磊因公出差。晓雯如往常一样起床洗漱，却在镜中看到一个阴冷可怖的长发女子。她惶恐不安地向好有萧雅婷求助。由于晓雯童年的悲伤经历，雅婷便将她介绍给了专供心

天庭有珍奇书籍“天书”，被锁在石龛门里三千年。看守天书的袁公对天书的内容好奇不已，他乘无人之际，偷偷拿出观看。原来，天书上记录了一百〇八条法术，袁公偷偷下凡，把天书上的内容刻在石壁上。但本意造福人类的袁公此举却触犯了天条，遭到了玉帝的惩罚。 　　炼丹炉里的仙丹不慎被三条狐狸偷吃了，她们变成精下凡骗

　　天庭有珍奇书籍“天书”，被锁在石龛门里三千年。看守天书的袁公对天书的内容好奇不已，他乘无人之际，偷偷拿出观看。原来，天书上记录了一百〇八条法术，袁公偷偷下凡，把天书上的内容刻在石壁上。但本意造福人类的袁公此举却触犯了天条，遭到了玉帝的惩罚。　　炼丹炉里的仙丹不慎被三条狐狸偷吃了，她们变成精下凡骗

　　退休后的考古队长郑文初被绑架至东南亚某第三国家进行黑市古董交易的真伪鉴定。郑文初出逃后联合武装警卫公司追缴了流失的国宝金印，并且阻止了黑势力盗掘皇陵的计划

剧中呈现的故事根据真实人物，真实案件改编，将法医这个职业全方位地展示给观众。 陈冰首次大挑梁出演女法医。

天庭有珍奇书籍“天书”，被锁在石龛门里三千年。看守天书的袁公对天书的内容好奇不已，他乘无人之际，偷偷拿出观看。原来，天书上记录了一百〇八条法术，袁公偷偷下凡，把天书上的内容刻在石壁上。但本意造福人类的袁公此举却触犯了天条，遭到了玉帝的惩罚。　　炼丹炉里的仙丹不慎被三条狐狸偷吃了，她们变成精下凡骗人钱

某晚，丁娟赴约去见男友李良，发现他倒死在自己屋内。东海市公安局干警钱凯（徐敏）、陈明辉（仲星火）接到报案后，火速赶到案发现场。法医鉴定李良之死属他杀后，两人注意到一些诸如李良伤口上有根细小的鸟类羽毛、...

明朝中叶，皇帝怒查军粮亏空，钦定为空印案。三法司衙（俗称六扇门）奉命追查，以季同归为首的捕头反被陷害，无奈之际隐姓埋名继续追查。案件明朗，东厂提督与国相先后叛乱，危难之际六扇门联合锦衣卫挺身而出。